Come si è già accennato in relazione ai beni archeologici delle Isole Tremiti, queste furono abitate sin dal Neolitico: la presenza di numerose testimonianze relative all’età successive permettono di ricostruire un’evoluzione della civiltà dei loro abitanti che attraversa le fasi più significative della cultura greca prima e romana poi.

Con il crollo dell’Impero e i disordini che accompagnarono la prima fase dell’Alto Medioevo anche le Isole vennero coinvolte nell’oblio generale che caratterizzò la nostra Penisola. Con l’Anno Mille, però, si assiste ad una nuova fioritura della cultura grazie all’importante mediazione degli ordini religiosi che qui si stabilirono. I primi ad insediarsi furono i monaci Benedettini di Montecassino a cui si deve la costruzione del Monastero e della Chiesa di Santa Maria, che raggiunsero in poco tempo un’importanza tale da rendersi indipendenti dall’Abbazia di Montecassino. Il periodo di autonomia segnò però una decadenza che convinse il Vescovo di Termoli a sostituire i Benedettini con i Cistercensi che ridiedero all’Abbazia l’antico splendore apportando anche innovazioni e ammodernamenti. Nel XIV sec., però, vi fu una nuova decadenza causata dalle incursioni dei pirati. Una di queste, quella fatale all’ordine, fu condotta dal dalmata Almissa che si finse morto e organizzò una trappola analoga al Cavallo di Troia per entrare nell’Abbazia.

I suoi compagni chiesero di poterne celebrare il funerale e i monaci accettarono purché fossero disarmati: una volta che la bara arrivò nella chiesa di S. Nicola ne uscì il pirata che lanciò armi ai suoi uomini che a loro volta trucidarono i religiosi senza risparmiarne alcuno.

Tale episodio segnò un periodo di declino, dovuto al comprensibile timore di altri monaci di stabilirsi sulle Tremiti. Dopo decenni di totale abbandono Papa Gregorio XII convinse dei canonici Lateranensi a prendere possesso dell’Abbazia nel XV sec.:i primi risultati furono incoraggianti, sia dal punto di vista economico – dati i numerosi fedeli che visitavano il complesso monastico – che strutturale – in virtù della ristrutturazione che permise all’Abbazia di resistere alle incursioni turche del secolo successivo.

Ma ancora una volta il declino era prossimo e i Lateranensi non riuscirono a fronteggiare una difficile situazione economica finché, dopo molte pressioni, l’Abbazia fu soppressa da Ferdinando IV di Borbone che vi istituì una colonia penale rimasta operativa sino a metà degli Anni Venti del ‘900.

Solo nel 1932 nacque il comune autonomo delle Isole Tremiti.