Le specie vegetali dell’Arcipelago delle Tremiti sono, soprattutto in anni relativamente recenti, oggetto di studi e ricerche cui l’istituzione della Riserva Marina ha dato un impulso notevole. Una delle specie arboree simbolo di queste isole è il Pino d’Aleppo, presente in gran quantità nella pineta di San Domino e in molte altre zone dell’Isola, anche laddove è stata operata una ricolonizzazione di terreni dalle rese agricole non soddisfacenti. I venti di Nord-Ovest determinano un sottobosco disomogeneo ed anche le caratteristiche deformazioni a bandiera degli esemplari sul versante occidentale. All’interno della pineta è presente il cosiddetto “bosco misto”, in cui al Pino autoctono si unisce il leccio, caratterizzato da specie come il pungitopo, l’asparago pungente, l’erica arborea, la melica piramidale ed il caprifoglio.

La macchia a lentisco è invece molto presente sulle isole di San Nicola e di Capraia che presentano anche delle specie piuttosto rare come la “Daphne sericea” e la “Phillyrea angustifolia”, mentre a San Domino compare in misura minore e con la presenza del mirto comune.

Sempre sull’isola maggiore sono presenti le garighe, soprattutto nella fascia costiera di Nord-Ovest, più esposta ai venti marini e quindi con una maggiore influenza della salsedine: è questa la ragione per cui non compare con le medesime concentrazioni sulle altre isole (a San Nicola è del tutto assente).

Pianosa e il Cretaccio si caratterizzano invece per la presenza di prati con vegetazione alofila come la “Lavatera arborea”, il paleo comune e il giunco nero. Un’estensione territoriale simile a quella della pineta d’Aleppo è occupata da terreni coltivati che per la stragrande maggioranza si sono rilevati, nel corso degli anni, piuttosto improduttivi specie in alcune zone e sono stati conseguentemente abbandonati oppure, più di frequente, adibiti a pascoli: ciò ha comportato cambiamenti nella flora che ha visto ridursi le piante agricole per far posto a graminacee di varia natura, dando vita così a quel particolare stadio denominato “pseudosteppa”. Completano il quadro della vegetazione terrestre dell’arcipelago il ginestrino delle scogliere, l’aglio delle isole, la grattalingua comune, il cappero e il limonio delle Tremiti: tutte specie della grande famiglia della vegetazione di scogliera.