Le Isole Tremiti sono state abitate sin dall’Antichità e ciò è dimostrato dalle svariate tracce della presenza umana su questo arcipelago che, come avremo modo di vedere in una sezione a parte, doveva trovarsi attaccato alla terraferma in epoche remote.
I resti più antichi sinora portati alla luce sono quelli dell’Isola di San Domino, precisamente in contrada Prato Don Michele: qui è stato scoperto alla fine del XIX secolo un villaggio del primo Neolitico che è stato al centro di una campagna di scavi a metà del secolo scorso. In realtà non sono state rinvenute abitazioni di alcun tipo ma solo delle ceramiche decorate o, in maggioranza, impresse con motivi molto semplici: si tratta in ogni caso di un grande ritrovamento se si pensa al fatto che la datazione rimanda a oltre 6.000 anni prima di Cristo. Un altro insediamento neolitico, risalente al IV millennio a.C. è stato rinvenuto nell’ambito della medesima campagna di scavi nelle vicinanze di Cala Tramontana: qui, oltre a ceramiche decorate parzialmente secondo lo stile di Matera, furono rinvenuti anche 12 scheletri, segno della presenza di una necropoli di qualche secolo successiva.
L’Isola di San Nicola è stata anch’essa oggetto di scavi e ricerche che hanno conosciuto maggiori difficoltà nella datazione dei reperti in quanto, spesso, le medesime località hanno fatto da teatro a più insediamenti nel corso dei secoli, producendo in tal modo una sovrapposizione delle loro tracce.
I fori cilindrici notati su alcune rocce calcaree nel cuore dell’Isola fanno pensare a strutture abitative risalenti al I millennio a.C. , così come le ceramiche rinvenute sembrano rimandare all’Età del Ferro (XIX-VII sec. a.C.). Nel medesimo luogo si trovano fosse sepolcrali rettangolari del tutto analoghe a quelle dell’età classica greca e due tombe “a grotticella” del periodo ellenistico, tra cui la celebre “Tomba di Diomede”. Nelle vicinanze sono venute alla luce le fondamenta e il criptoportico di una Domus romana di cui è ricostruibile agevolmente la pianta, risalente al I sec. a.C. o d.C. L’ultima recente scoperta è una seconda Domus grazie al pavimento in mosaico la cui tecnica non geometrica rimanda sempre al I sec. a.C.