Per Manfredonia il collegamento con le isole Tremiti è un tassello importante del piano dell’offerta turistica di questo territorio. Partendo da Manfredonia sarà possibile approdare a San Domino ricca di spiagge per la balneazione e di infrastrutture turistiche, allo scoglio del Cretaccio sottoposto ad erosione e privo di vegetazione, all’isola di Caprara isolata e selvaggia, e a San Nicola centro storico e amministrativo dell’arcipelago, col monastero di Santa Maria a Mare. L’architettura dell’uomo si fonde con l’architettura naturale, visitando cale e grotte, tra cui la suggestiva Grotta del Sale, i fiori di Grotta delle Viole, e ascoltare la leggenda delle foche della Grotta del Bue Marino.

Quanto siano gettonati questi viaggi da Manfredonia alle Tremiti, è dimostrato dalle numerose prenotazioni da parte dei turisti a partire già dai mesi di marzo e aprile. Quando nell’estate del 2009 venne bloccato il collegamento di una compagnia navale a causa di disguidi interni all’azienda gestore, il danno economico per Manfredonia fu enorme.

Anche arrivando in treno a Manfredonia, si potrà tranquillamente usufruire dei viaggi verso l’arcipelago, perché dalla stazione ferroviaria di Manfredonia è garantito un servizio taxi per il porto.
Numerose crociere iniziano infatti al porto di Manfredonia e si svolgono nell’ambito del Parco Marino delle Isole Tremiti con la possibilità di approdare per indimenticabili passeggiate nei boschi o in riva al mare, e di ammirare anche da bordo spiagge e insenature e formazioni costiere calcaree.

Un aliscafo collega Manfredonia via Vieste alle Tremiti, da Giugno ad Agosto, impiegando circa un paio d’ore per una piacevole traversata. Attualmente questi aliscafi dispongono di 390 posti, proprio in virtù del dell’aumentato traffico passeggeri, mentre fino al 2006 gli aliscafi erano molto più piccoli e disponevano solo di 200 posti.

Per raggiungere le isole Tremiti da Manfredonia, si può usufruire di imbarcazioni ecologiche con basso impatto ambientale, che partono dal porto di Manfredonia, con o senza equipaggio specializzato, dunque è possibile anche il noleggio: si tratta di imbarcazioni dotate di pannelli solari, generatori eolici, scaldabagni solari, dissalatori per l’acqua dei serbatoi. Sono lunghe circa di 30 metri e offrono mini-crociere per una ventina di persone, se dotate di equipaggio, dureranno una settimana a pensione completa, con cabine doppie e triple adatte anche a famiglie con bambini. Le date di partenza sono prestabilite, e coprono tutta la stagione estiva, con partenza garantita e percorso prefissato

Il caicco (in turco kayık, “barca”) è una barca bialbero nata come barca da pesca, ideale per un’indimenticabile vacanza alla scoperta delle Isole Tremiti da Manfredonia. E’ tutto in legno e molto spazioso, caratteristico per avere l’albero di prua più alto di quello di poppa.
I caicchi sono imbarcazioni particolari, che per la loro conformazione non tengono bene il mare aperto, dunque partono sempre dotati di equipaggio. I compagni di viaggio potranno anche essere di altra nazionalità, all’insegna di una vacanza giovane e dinamica, aperta a tutte le esperienze. Col caicco si approda in piccole insenature, per scoprire spiagge deserte e fare bagni in acque incontaminate. Si tratta di una barca molto sicura: a bordo radar, escoscandaglio, stazione meteo e stazione del vento. I caicchi sono tutti dotati di vele e, quando le condizioni meteorologiche lo consentono, l’equipaggio le arma.

Con alcune imbarcazioni, durante il viaggio da Manfredonia alle Tremiti sono possibili escursioni a terra e visite di Vieste e Peschici. Alla sera, giunti alle Tremiti, si attracca al molo o in piccole baie al riparo dal vento ad una distanza di circa 20 metri dalla costa e si scende a terra con le scialuppe di bordo. Si potrà gustare la cucina tipica tremitese, in qualche ristorantino ove magari il pesce proviene dai pescherecci dei pescatori locali.